審計部查核發現，經濟部水利署辦理湖山水庫工程計畫項下管理中心新建工程之規劃設計審查及水土保持計畫送審作業等未臻周妥，致執行進度嚴重落後，經函請經濟部研謀妥處，業已研提改善措施，並取得管理中心使用執照及進駐使用，以監控掌握湖山水庫整體供水系統操作營運情形。
經濟部水利署(下稱水利署)於民國(下同)90年1月3日報經行政院核定辦理位於雲林縣古坑鄉之湖山水庫工程計畫，為因應水庫完成後之營運管理及兼供施工期間工務所等功能需求，於92年1月28日委託辦理管理中心新建工程規劃設計工作，原預定於93年11月底完工。經審計部查核結果，該署未督促設計單位依契約規定之初(複)審期限提出修正設計成果，及依委託工作項目之順序先完成選址調查規劃工作，致延宕設計核定期程3年；復未恪遵法令辦理水土保持計畫送審，即逕於102年9月12日辦理工程發包，致因無法取得建造執照，解除契約重新招標，迄審計部於106年2月查核時，管理中心新建工程已逾原定完工期程12年餘，仍未取得使用執照並進駐使用，經函請經濟部查明妥適處理。
案經審計部追蹤改善結果，經濟部業已議處相關人員疏失責任，並督促水利署就工程之規劃設計工作進度、水土保持法遵等方面，擬具於計畫列管會議中嚴加管控與追蹤等精進作為。該署已於106年6月6日取得管理中心使用執照並進駐使用，以監控掌握湖山水庫整體供水系統操作營運情形，截至107年8月底止，水庫蓄水量已達2,275萬噸，占有效蓄水量約45％。