審計部審核發現，內政部函送之租金補貼無法收回溢領款項案件，於該部住宅基金會計月報中未列有相關應收未收金額，且內政部租金補貼撥付及溢領款追繳作業要點亦無免追繳之相關規定，經函請督促列帳管理並參酌修訂作業要點。該部已於民國(下同)107年5月25日修正增訂相關規定，以強化管理機制。
內政部為協助直轄市、縣（市）政府依「自建自購住宅貸款利息及租金補貼辦法」辦理租金補貼經費撥付事宜，及依「整合住宅補貼資源實施方案」與「青年安心成家方案」辦理租金補貼溢領款之追繳或得免予追繳事宜，訂立「內政部租金補貼撥付及溢領款追繳作業要點」。審計部於107年2月審核發現，內政部函送經營建署核准免予追繳之租金補貼無法收回溢領款項明細表，該等案件於住宅基金會計月報卻未列有相關應收未收金額；又上述租金補貼撥付及溢領款追繳作業要點未參照「整合住宅補貼資源實施方案、青年安心成家方案終止貸款利息補貼追繳溢領款之處理原則」，訂定辦理強制執行金額低於一定金額者免予追繳之相關規定，經於107年2月22日函請內政部督促營建署列帳管理，並參酌修訂作業要點。
嗣經審計部追蹤改善結果，內政部已於107年5月25日修正增訂「內政部租金補貼撥付及溢領款追繳作業要點」相關規定，明定直轄市、縣(市)政府應於每年6月30日及12月31日前將已收回之溢領款繳回營建署，並同時填報溢領戶清冊表予該署於會計月報列帳管理；另就應追繳金額在600元以下，或受補貼者死亡，其法定繼承人溢領租金補貼，應追繳金額在1,600元以下，經該署核准者，免予追繳，以強化管理機制。