審計部教育農林審計處(下稱教育農林審計處)查核發現，教育部國民及學前教育署(下稱國教署)補助參與辦理學習區完全免試入學之高級中等學校及其對應之國民中學提升辦學品質及績效，惟相關補助要點尚未公布，即核定發放補助款項，經函請檢討改善，該署已公布補助要點，作為辦理相關補助經費申請、編列、審查、請領、核撥及結報作業之依據，健全制度規章。
國教署推動高級中等學校學習區完全免試入學，參與學校之招生名額，可以完全或大部分容納鄰近對應國民中學有意願就讀之應屆畢業生，毋須採計國中教育會考成績，有助紓緩升學壓力，引導學生適性發展。教育農林審計處於民國(下同)106年10月查核發現，106學年度計有新北市立雙溪高級中學等15所公立高級中等學校參與試辦學習區完全免試入學。截至106年8月底止，國教署已補助上開15所學校經費共計1億4,360萬餘元，協助建置及發展特色選修課程，建立學校品牌特色，惟該署尚未公布相關補助要點作為辦理補助作業之依據，經於107年1月15日函請國教署檢討改善。
嗣經教育農林審計處追蹤改善結果，該署業於107年2月8日公布推動公立高級中等學校辦理學習區完全免試入學經費補助要點，並據以辦理107學年度完全免試入學相關補助計畫申請及審查作業，健全制度規章。