審計部臺灣省臺東縣審計室(下稱臺東縣審計室)查核發現，臺東縣政府徵收溫泉取用費，核有漏徵、短徵，或對逾期繳納者未加徵滯納金，另溫泉標章規費收入，因未通知申請人限期繳納，致屢有延遲收款及業者遲延領取標章情事，經促請檢討改善，該府已補行收費及建立相關稽查與收費控管機制，除落實收費作業程序、增裕庫收外，並促使業者及時領取溫泉標章，以供消費者辨識。
溫泉法第11條及第12條規定，為保育及永續利用溫泉，主管機關應向溫泉取供事業或個人徵收溫泉取用費，逾期繳納者，每逾3日加徵1％滯納金。另為保障泡湯民眾權益，促進溫泉產業健全發展，同法第18條規定，溫泉使用事業應向市縣觀光主管機關申請發給溫泉標章，並將溫泉標章懸掛明顯可見之處。臺東縣審計室於民國（下同）106年12月查核發現，臺東縣政府列管溫泉業者57家，106年度徵收溫泉取用費493萬餘元，因列管資料不全，或計算錯誤，致有2家業者漏徵、5家短徵，且對逾期繳納者未加徵滯納金；另受理溫泉標章申請案件，經審查合格通知業者領取，未明定規費繳納期限，造成四成業者於溫泉標章生效後逾2個月始繳費及領牌，其中甚有延遲達8個月之久，有失核發溫泉標章供民眾辨識之意義，經於107年2月函請注意檢討改善。
嗣經臺東縣審計室追蹤結果，臺東縣政府已辦理現場檢查，及重新核算，截至107年7月底止，除1家歇業者待追繳外，其餘短收之溫泉取用費及滯納金計35萬餘元已全數收回，並與衛生業管單位建立聯合稽查機制，及時掌握業者名單，暨加強教育訓練，落實收費作業程序；另自107年4月起核發溫泉標章，已限定業者應於通知後1個月內繳費及領牌，逾期駁回申請，促使業者及時領取，懸掛合法有效溫泉標章，供消費者辨識。