審計部教育農林審計處（下稱教育農林審計處）查核發現，教育部為協助原住民族學生接受高等教育，編列預算補助大專校院原住民族學生學雜費減免，惟經費不足支應且原住民族學生高等教育就學率未達目標，及因經濟困難而休學人數有成長之趨勢，經促請研謀改善，該部已提高補助私立大專校院原住民族學生學雜費減免金額，以減輕其就學負擔。
教育部為協助原住民族學生接受高等教育，每年編列預算提供大專校院原住民族學生學雜費減免，以減輕其就學負擔。教育農林審計處於民國（下同）105年5月查核發現，教育部104年度預算編列補助私立大專校院原住民族學生學雜費減免經費不足6千萬餘元，須勻支其他計畫經費支應；嗣於106年11月賡續查核發現，105學年度高等教育階段，原住民族學生占全國學生人數比率為2.06％，與原住民族人口數占全國人口之比率2.35％相較，尚未達成原住民族教育政策白皮書「與原住民族人口數占全國人口之比率相當」之目標，且103、104及105學年度大專校院原住民族學生因經濟困難而休學人數占休學學生之比率分別為12.66％、13.40％及14.68％，有逐年成長之趨勢，經分別於105年6月8日及107年2月8日函請教育部研謀改善。
嗣經教育農林審計處追蹤改善情形，教育部業增編補助私立大專校院原住民族學生學雜費減免經費，107年度計增編3億8,700萬元，並提高政府補助每生減免金額7千元至1萬4千元，按105學年度申請學生估計，約有1萬5千名學生受惠，已減輕原住民族學生就學負擔，有助於提升原住民族學生高等教育就學率。