審計部臺灣省苗栗縣審計室(下稱苗栗縣審計室)查核發現，苗栗肉品市場股份有限公司(下稱苗栗肉品市場)未落實進出市場車輛之噴霧消毒作業，及苗栗縣政府訂定之防疫及衛生管理措施，未將動物拍賣交易場所納管規範，動物傳染病防疫機制未臻完善，經促請檢討改善，苗栗肉品市場已公告規範進出市場車輛配合防疫消毒作業，且經苗栗縣政府納管規範，維護民眾食用安全。
依行政院農業委員會動植物防疫檢疫局民國(下同)106年9月29日函示，隧道式消毒設施切勿使用於裝載動物之車輛，至空車仍應以隧道式消毒設施進行消毒。另動物傳染病防治條例第14條第1項規定，直轄市或縣(市)主管機關，為防治動物傳染病之發生，必要時應指定區域，令管理人實施設備消毒等措施。苗栗肉品市場主要業務係毛豬活體拍賣交易，106年度總交易頭數計21萬餘頭，平均每日交易700餘頭。苗栗縣審計室於107年4月查核發現，苗栗肉品市場以前開函示不得使用於裝載動物車輛為由，逕將消毒設備關閉，致空車進出廠區均未經消毒；又苗栗縣政府僅訂定畜牧場防疫及衛生管理措施，未將動物拍賣交易場所納管規範，動物傳染病防疫機制未臻完善，經於107年6月8日分別函請苗栗肉品市場及苗栗縣政府研謀改善。
嗣經苗栗縣審計室追蹤改善情形，苗栗肉品市場已於107年6月重新開啟隧道式消毒設備，並公告車輛進出注意事項，規範相關人員配合防疫消毒工作；另苗栗縣政府於107年6月26日修正苗栗縣畜牧場暨動物拍賣交易場所、屠宰場防疫及衛生管理措施，將苗栗肉品市場納管規範，完善防疫機制，維護民眾食用安全。