審計部臺灣省苗栗縣審計室(下稱苗栗縣審計室)查核發現，苗栗縣政府辦理擴大新竹科學園區竹南基地暨周邊地區特定區公共設施新建統包工程，結算明細表部分材料試驗項目單價高於該府原核定金額，經函請檢討改善，已收繳溢領工程款及扣罰違約金計1,298萬餘元。
苗栗縣政府為擴大新竹科學園區竹南基地周邊地區之特定區土地使用，規劃開發154公頃土地，興建相關道路及橋梁等公共設施。該府於民國(下同)98年11月9日以統包、公開招標、最有利標方式辦理工程採購，決標金額26億4,880萬元，並於103年7月30日完成工程驗收，結算金額28億9,879萬餘元。苗栗縣審計室於105年5月查核發現，經該府及專案管理廠商審核通過之工程結算明細表，其中「材料試驗費」及「機關查核材料試驗費」部分材料試驗項目單價高於該府原核定金額，核有未善盡審核責任，致有溢支結算工程款情事，經於105年6月17日函請檢討改善。
嗣經苗栗縣審計室追蹤改善結果，苗栗縣政府已於107年3月收回統包商溢領工程款1,233萬餘元及扣罰違約金10萬餘元；依契約規定扣罰專案管理廠商審查不實違約金計54萬餘元，合計1,298萬餘元。該府為防杜類此情事，已督促技術服務廠商依契約規定確實執行審核作業，及加強機關承辦人員審查及主管之覆核，並由工程督導管制單位定期抽查採購案件辦理情形，以落實內部控制機制。