審計部教育農林審計處（下稱教育農林審計處）查核發現，部分國立高級中等學校未依政府內部控制監督作業要點之規定，落實自行評估及內部稽核等監督機制，經函請教育部國民及學前教育署（下稱國教署）督促檢討改善。各校已依相關規定辦理，並簽署內部控制聲明書，強化內部控制自主管理。
依政府內部控制監督作業要點第2點及第4點規定，各機關應確實辦理例行監督、自行評估及內部稽核等監督作業，檢查內部控制建立及執行情形，並針對所發現之內部控制缺失及提出之興革建議，採行相關因應作為；每年應至少各辦理1次年度自行評估及年度稽核。教育農林審計處於民國（下同）105年10月查核發現，部分國立高級中等學校未落實104年度內部控制監督機制，其中23校未訂定自行評估計畫或未辦理自行評估；10校未訂定內部稽核計畫或未辦理內部稽核；12校雖已辦理內部稽核作業，惟稽核結果未作成內部稽核報告；3校未定期追蹤內部控制缺失改善情形等情事，經於106年2月13日函請國教署督促檢討改善。
嗣經教育農林審計處追蹤改善結果，各國立高級中等學校已依規定辦理106年度自行評估及內部稽核作業，以合理確保內部控制有效運作，並簽署內部控制聲明書，公告於各校網站，強化內部控制自主管理。