審計部交通建設審計處(下稱交通建設審計處)查核發現，交通部督同民用航空局（下稱民航局）興建大園客運園區污水處理廠，未儘早與前桃園縣政府就廠房移交及後續接管維護權責之歧見，研擬應變措施，或報請行政院裁定處理，肇致該廠自民國（下同）94年完工驗收後未予運作，多數設備已屆使用年限，且園區內污水未經妥適處理直接排放，影響環境衛生。經函請各有關機關查處並陳報監察院，業由該院糾正交通部及桃園市政府。
民航局配合政府推動亞太營運中心計畫，經行政院於86年5月16日核定辦理「桃園客貨運園區特定區計畫（又稱桃園大園客運園區計畫）」，計畫期程為86年至94年底，由民航局以民航事業作業基金99億3,684萬餘元，支應辦理區段徵收及客貨運園區內各項公共設施。其中桃園大園客運園區計畫項下污水處理廠設施，興建費用4億2,141萬餘元，自94年9月30日完工驗收後，截至104年底止尚未完成移交及啟用。交通建設審計處查核發現，民航局未覈實評估污水處理廠土地及地上物價值、廠房折舊與維護費用等財務效益，就污水處理廠房移交及後續接管維護權責之歧見，儘早與前桃園縣政府達成共識，或報請行政院裁定處理；前桃園縣政府已決議污水下水道系統之維護管理由該府工務局負責操作維護，卻因撥用及補助費用之故，一再拒絕接管營運，亦未依下水道法規定研訂監督管理配套措施，肇致該污水處理廠自94年9月興建完成後閒置十餘年仍未營運，多數設備已逾使用年限，且園區內污水直接排放，影響環境衛生。經函請各有關機關查處並陳報監察院，業由該院糾正交通部及桃園市政府。（詳監察院公報第3085期）