審計部查核發現，海軍司令部及所屬辦理升降船台性能提升案，建案文件審查、適用船型規劃、污染場址調查及專案督導作為等未臻周延，致整體計畫執行嚴重落後，經函請國防部研謀妥處，業已研提具體改善措施，以符合海軍修護任務需求。
海軍司令部鑑於旗津廠區升降船台，使用年限已久，影響艦艇及人員安全，爰規劃辦理升降船台性能提升軍事投資計畫，預算8億2,676萬餘元，執行期程為民國（下同）102至103年度。經審計部查核結果，海軍司令部及所屬辦理投資綱要計畫修訂作業時，未依規定確認變更目標船型可否滿足原作戰需求，循序辦理修訂作戰需求文件，逕將投資綱要計畫所列成功級艦之修艦任務刪除。又建案階段未妥為評估修護任務需求，據以規劃適用船型及落實污染潛勢場址調查，致目標船型決策一再更迭，且經環保機關調查發現船台區有重金屬污染，復未依規定成立專案督導小組及提出土壤污染應變措施，耗時1年7個月始完成控制計畫核定作業，影響規劃設計核定期程及耽延後續工程招標與施工，造成整體計畫進度嚴重落後，展延期程為102至111年度，經函請國防部查明妥適處理。
案經審計部追蹤改善結果，國防部業已議處相關人員疏失責任，並就建案初期可行性評估、營區土地污染場址調查、建案人員實務訓練、專案督導小組成立等擬具精進作為，以確保計畫、執行階段周延可行，符合海軍修護任務需求。