審計部教育農林審計處（下稱教育農林審計處）查核發現，農業委員會（下稱農委會）漁業署（下稱漁業署）推動漁業權劃設、陸上魚塭設置等未盡妥適，且間有部分浮筏養殖位處漁港內或河道上，影響漁船航行安全及河川排水功能，及水產品產銷履歷比率偏低等情事，經函請農委會督促漁業署研謀改善，並於民國（下同）105年度中央政府總決算審核報告揭露，嗣經監察院立案調查竣事，於107年4月17日糾正嘉義縣政府，並出具調查意見，促請農委會等機關檢討改進。
漁業署為引導養殖業者對水、土資源合法與合理之利用，輔導養殖業者改善養殖環境與提升水產品質，推動「促進養殖漁業與環境和諧計畫」、「未上市水產品產地監測計畫」及「強化產銷履歷與驗證水產品輔導管理計畫」，以期抑制非法養殖發展空間，並建立養殖水產品受污染與藥物殘留之防範或預警措施。
教育農林審計處運用地理資訊系統（GIS）比對分析發現，截至104年底止，全國浮筏式養殖區計有18,558口，均位處臺南市、彰化縣、雲林縣及嘉義縣等4市縣，其中非屬區劃漁業權範圍者計有18,227口；且有760口位處漁港內或河道上，影響漁船航行安全及河川排水功能；陸上養殖魚塭位處特定農業區之農牧用地者計有27,086口，其中魚塭範圍5公尺內設有地下水井者計有1,168口，又198口魚塭位處嚴重地層下陷區域；及水產品產銷履歷通過驗證戶數占全國養殖戶數之比率，104年度為2.19％，比率偏低等情事，經函請農委會督促漁業署研謀改善，並於105年度中央政府總決算審核報告農委會主管重要審核意見揭露。嗣監察院審議上述審核報告時立案調查，於107年4月17日糾正嘉義縣政府，並出具調查意見，促請農委會等機關檢討改進。(詳監察院公報第3079期)