審計部教育農林審計處(下稱教育農林審計處)查核發現，國立臺南大學(下稱臺南大學)辦理七股校區遷校計畫，因環保生態考量修正調整為校區設置計畫，惟於事前未妥為與師生溝通說明，事後又未積極協調達成共識，計畫歷經7年餘及多次修正，仍未獲行政院核定，致七股校區迄無師生進駐，造成已完成之公共設施閒置，嚴重延宕計畫執行期程，且每年仍需支付設施維護管理費用4百餘萬元，增加政府財政負擔，經陳報監察院，業由該院糾正臺南大學。
臺南大學因原校地(府城校區)位於臺南機場飛機航道下，受航高限制及飛機起降噪音干擾，加上校區面積狹小(僅9.67公頃)，不符綜合大學設置規模，為因應校務發展需求，研提七股校區遷校計畫(面積約120公頃)，經行政院於民國(下同)94年11月15日核定，總經費75億元，計畫期程自95至102年。後續該校基於環保生態考量，於99年1月28日將遷校計畫調整修正為校區設置計畫，僅部分院系師生須搬遷七股校區。
教育農林審計處稽察發現，該校於計畫修正過程，事前未妥為溝通說明，即逕行決定進駐單位，引發須搬遷院系師生反對而陳情不斷，事後又未積極協調達成共識，導致校區設置計畫歷經7年餘及行政院4次退回修正，仍未獲核定，嚴重延宕計畫執行期程；耗資5億8,484萬餘元之公共設施完工已逾2至7年仍處於閒置狀態，折損設施設備使用價值，並須每年支付維護管理費用4百餘萬元，徒增政府財政負擔，經於106年5月26日依審計法第69條第1項前段規定陳報監察院。嗣經該院立案調查結果，於107年5月10日糾正臺南大學。(詳監察院公報第3082期)。