審計部調查發現，財政部對於未依限繳納許可費之菸酒業者，未及時廢止其設立許可，未符菸酒管理法相關規定，並增加後續管理行政成本，經促請該部檢討改善。該部已檢討調整作業時程，加速廢止設立許可程序，落實法規執行並提升行政效能。
財政部訂定「菸酒業審查費證照費及許可費收費標準」，規範菸酒業者之許可設立、執照管理及規費計收標準等事宜。有關業者許可年費收繳作業，係由國庫署於每年底檢送次年度許可費繳款單送請業者於12月31日前繳納，及敘明屆期未繳納者，除依規費法規定加徵滯納金及移送強制執行外，並廢止其設立許可。惟查部分菸酒進口業者未依限繳納次年度許可年費，國庫署經寄發催繳函、再次限期繳納等作業，遲至次年3月底始廢止業者設立許可並註銷許可執照。上開作法核與菸酒管理法相關規定未符，且因未即時廢止設立許可，致產生廢止前之年費，仍需辦理後續催繳，復因未依限繳納許可費之業者多已無意繼續從事菸酒進口業，致後續追繳困難，徒增後續管理行政成本；且間有欠費業者於次年度1至3月尚未廢照期間，仍得報運進口情事，顯欠合理，對於依限繳納年費之業者亦未盡公平。經審計部於民國（下同）106年6月7日函請財政部研謀改善。
嗣經審計部追蹤改善結果，財政部業檢討調整作業時程，提早寄發繳款單並主動以電話輔導業者繳納，對於未依限繳納業者，即依規定廢止其設立許可。據財政部統計107年廢照家數20家，欠費金額（許可費及滯納金）13,780元，相較106年54家及94,875元，已大幅減少，有效落實法規執行，並提升行政效能。