審計部臺灣省屏東縣審計室(下稱屏東縣審計室)查核發現，屏東縣政府創設屏東菸廠微型文創園區，缺乏整體開發及財源籌措計畫，且營運管理方式更迭，進度未有效管控等，致延宕啟用期程，經陳報監察院，業由監察院糾正屏東縣政府。
屏東縣政府為避免屏東菸廠廠區內歷史建物及工業遺址遭到破壞，於民國(下同)99年依據文化資產保存法將菸葉除骨等4棟建物公告為歷史建築，並自99年底起與財政部國有財產署簽訂全區委託管理契約，創設屏東菸廠微型文創園區，該府於99至104年期間實際投入金額計1,846萬餘元(文化部補助款767萬餘元、內政部營建署補助款549萬餘元、縣款528萬餘元)。
屏東縣審計室於104年11月查核發現，屏東縣政府創設屏東菸廠微型文創園區活化再利用過程，缺乏整體開發及財源籌措計畫，亦未指定專責單位統籌管控開發預算與執行進度，復因規劃營運管理方式更迭，致整體計畫進度缺乏有效管控與推展，又歷史建築修復進度遲延，歷經多年僅完成零星修繕，多處空間長期閒置，且未積極協調園區內森林警察隊覓地搬遷作業，搬遷期程一再延遲等，致延宕啟用期程，經依審計法第69條第1項規定於105年11月陳報監察院，嗣經監察院立案調查後，於107年4月12日糾正屏東縣政府。(詳監察院公報第3079期)