審計部臺灣省澎湖縣審計室(下稱澎湖縣審計室)查核發現，澎湖縣望安鄉花嶼及南方四島等，因交通船航班不足或無固定交通船航班，居民多附搭漁船載運客貨，恐有搭乘安全疑慮，經促請澎湖縣政府檢討改進，已提供馬公至花嶼每日航班及馬公至南方四島每周3航班，改善離島交通運輸問題，維護民眾搭乘安全。 澎湖縣望安鄉二、三級離島交通，花嶼至馬公每周僅3航班，南方四島[西嶼坪嶼、東嶼坪嶼及東吉嶼、西吉嶼(為無人島嶼)]並無固定船班往返馬公，民眾如有載送民生物資、醫療、返鄉、節慶活動等需求，需向鄉公所申請航線，因對外交通不便，居民多附搭漁船以載運客貨。澎湖縣審計室於民國(下同)106年10月查核發現，104至106年7月底止，澎湖縣18處漁港安檢所登載附搭漁船出港人次計8,832人次，其中東嶼坪嶼出港1,658人次，花嶼出港1,520人次，東吉嶼出港391人次，因漁船配置係為漁業作業而設計，與搭載客貨的船舶船體構造、安全設備、載客艙室、船員資格與配額等，均存有極大差異，附搭漁船載運客貨，恐有安全疑慮，經於106年11月24日函請澎湖縣政府檢討改善。 嗣經澎湖縣審計室追蹤改善情形，澎湖縣政府已自107年1月1日起每年補助望安鄉公所1,400萬元，委託民間業者提供合法航行運具及固定航班，馬公至花嶼航線每日2航次，馬公至南方四島每週一、三、五各1航次，改善離島海上交通運輸問題，維護民眾搭乘安全。