審計部臺南市審計處(下稱臺南市審計處)調查發現，臺南市城西垃圾焚化廠將於民國(下同)108年8月屆設計使用年限，臺南市政府環境保護局(下稱環保局)遲未診斷該廠設備效能，評估後續營運計畫及整建期間垃圾處理量能下降之調度方案，經函請研謀改善，將採原廠整建更新延役，並活化城西三期掩埋場，及洽請高雄市代為焚化垃圾，以紓解城西垃圾焚化廠整建期間垃圾處理量能。
臺南市城西垃圾焚化廠係於88年2月完工，同年8月正式營運，設計每日可處理垃圾量900公噸，設計使用年限20年，將於108年8月屆期。臺南市審計處於106年3月調查發現，該焚化廠同年1至3月非計畫性停爐時數達618小時，遠較104及105年全年非計畫性停爐時數28及257小時高，顯示設備老舊、故障頻仍，已影響垃圾處理量能，環保局未診斷該廠設備效能，研擬延役、新建或轉型等具體方案，據以辦理後續修建及營運事宜；且整修更新期間，焚化量能勢必大幅縮減，允宜及早審慎綢繆因應，經於106年5月函請研謀改善。
嗣經臺南市審計處追蹤改善結果，環保局於107年4月已評估將採原廠整建更新延役，並增建第3號爐，初估停爐修建期間垃圾處理缺口約每日450至550公噸，並宣導廚餘多元再利用，以增加廚餘回收量，減少垃圾處理量，並於106年10月辦理城西三期掩埋場活化再利用工程，預計挖除28萬立方公尺垃圾，供停爐修建期間垃圾暫置及掩埋處所。另107年1月與高雄市政府達成協議，由高雄市代為焚化垃圾，每日上限150公噸，以區域合作方式紓解修建期間垃圾處理問題，避免發生垃圾危機。