行政院環境保護署(下稱環保署)於100年底「環保科技園區推動計畫」屆期後，責成前桃園縣政府(103年12月25日改制為桃園市政府)自行統籌辦理桃園科技園區內之環保科技園區管理與營運工作，及本著落實環保科技園區推動計畫精神與產業發展永續性，持續編列相關經費辦理園區招商及永續營運管理事宜。惟截至103年底止，園區內之研發大樓已無廠商進駐，另28家進入量產實證區之廠商，已營運者計6家，建廠中者計10家，尚在規劃中者計8家，已遷出園區者計4家。審計機關職司財務效能之考核，審計部前臺灣省桃園縣審計室(104年1月1日改制為審計部桃園市審計處)為瞭解前桃園縣政府營運及管理桃園環保科技園區情形，規劃辦理專案調查結果，發現之缺失，於104年9月函請桃園市市長查明妥適處理，並持續督促檢討改善，經桃園市審計處追蹤結果，環保局已辦理招商說明會，拜訪相關產業廠商42家，並重新檢視研發大樓優劣勢，放寬研發大樓進駐產業條件；按季查核量產實證區廠商開發進度及營運狀況，向違反補助契約廠商追繳環保署補助款，並研謀發揮未來開發園區效益之改善措施。