民國107年5月17日中華日報B1版刊載「募款算營利 水雉園區停辦營隊」及「別讓死硬規定澆息保育熱情」等文，指出水雉生態教育園區舉辦環境教育營隊多年，並以此募款維持園區運作，卻遭審計部「認定」募款有營利行為，要求繳納營業稅，向審計部多次申訴說明，但都未被接受，審計部不知變通，「死腦筋」影響所及，該學會決定暫停舉辦營隊活動。
　　審計部臺南市審計處抽查臺南市政府農業局財務收支，發現社團法人臺南市野鳥學會於臺南市水雉教育園區認養期間辦理環境教育活動，向民眾收取之費用做捐贈收入處理，經函請農業局洽國稅局釋示其合法性。農業局於107年3月14日函請國稅局釋示，財政部南區國稅局於107年4月16日函釋結果，野鳥學會舉辦活動向民眾收取之費用，係屬「銷售勞務收入」，非屬捐贈收入，應依規定課徵營業稅及所得稅。
　　有關上開媒體報導審計部認定募款有營利行為，要求繳納營業稅，向審計部多次申訴說明，但都未被接受，均與事實不符。該學會從未向審計部「申訴」或「說明」，為免外界誤解，特予澄清說明。