臺北市政府辦理各項食品安全檢查作業，其政策規劃與執行單位涵蓋該府產業發展局、衛生局、教育局、法務局、環境保護局等局處暨所屬；由於臺北市食品食材來源多由外縣市流入，因此，從農產品檢驗進場拍賣，加工製造後，至零售商品市場，整體追蹤溯源系統及跨局處配合機制，成為食品安全制度面臨之挑戰，深切影響民眾「食」的安全。惟前揭單位辦理食品安全制度規範、農產品或食品監測及查驗、食品溯源追蹤系統資料建置等作業，各組織職能重疊，且未依規定追蹤列管檢驗不合格之農產品、魚貨之後續處理，亦未將臺北市幼兒園餐點供應作業納入標準作業流程予以管理。審計機關職司財務效能之考核，審計部臺北市審計處為瞭解該府辦理各項食品安全檢查機制情形，規劃辦理專案調查結果，發現之缺失，經通知各該單位查明妥適處理，並持續督促檢討改善，相關單位已重新研議食品安全稽查小組編制、制定臺北市食品安全自治條例、加強產地農作物農藥監測及檢驗、強化魚貨檢驗及訂定「臺北市學校午餐標準作業流程」，以有效提升整體臺北市食品安全機制。