審計部臺南市審計處(下稱臺南市審計處)查核發現，臺南市政府水利局(下稱水利局)雖已訂頒臺南市污水下水道使用費徵收自治條例，惟遲未將事業污水下水道使用費之開徵日期報臺南市議會審議，致無法開徵，經函請檢討改善。該局已將開徵日期報經議會審議通過，自民國(下同)107年1月1日起開徵，增加市庫收入。
水利局為提升污水下水道系統及處理廠之使用效益，於101年10月31日訂頒臺南市污水下水道使用費徵收自治條例，同意特定事業可將廢水排入公共污水下水道系統加以處理，依該自治條例第3條第1項規定略以，污水下水道系統用戶，應繳納污水下水道使用費，開徵日期應報經市議會審議通過後公告。臺南市審計處於105年12月調查發現，該局遲未依上開自治條例規定，將事業污水下水道使用費之開徵日期，報經議會審議通過，致無法開徵；迄105年底，已接管之事業計有16家，僅與11家簽約收取每度10元之污水代處理費，對拒不簽約之5家，無法依自治條例徵收使用費，經於106年1月函請檢討改善。
嗣經臺南市審計處追蹤改善結果，水利局決議以自來水用水量每度10元之費率徵收事業污水處理費，報經議會於106年6月23日審議通過，自107年1月1日起開徵。除了已接管之25家事業全數徵收污水下水道使用費，亦同步開徵已接管機關及學校之使用費，預估每年可增加市庫收入1千餘萬元，以符使用者付費原則，並發揮公共污水下水道處理系統使用效益。