審計部教育農林審計處(下稱教育農林審計處)查核發現，部分大專校院學生同時申請學雜費減免及就學貸款，惟貸款金額未減除學生獲學雜費減免之金額，部分學校未能主動協助學生將溢貸款項退回承貸銀行，經函請教育部檢討改善。已於就學貸款彙報系統增設檢核功能及增訂相關規定，以避免溢貸情事，並減輕政府補貼利息負擔。
依民國(下同)101年1月4日修正發布之高級中等以上學校學生就學貸款作業要點第13點規定略以，辦理學雜費減免或已請領教育部助學金之學生，得就學雜等各項費用減除學雜費減免或助學金後之差額申請就學貸款。教育部為減輕弱勢學生經濟壓力，協助其安心就學，順利完成學業，委託金融機構辦理學生就學貸款，並補貼申請學生之貸款利息。教育農林審計處查核發現，部分學生同時申請學雜費減免補助及就學貸款，因就學貸款承貸銀行撥款在先，學校核定補助學雜費減免在後，致部分學生就學貸款未減除獲學雜費減免之金額，核與上開規定有間，且增加政府補貼利息負擔，經於103年5月26日函請該部檢討改善。
嗣經教育農林審計處追蹤改善情形，教育部於104年8月建置就學貸款彙報系統溢貸檢核功能，供學校運用系統勾稽查對。另為督促學校核實辦理就學貸款，業於105年5月25日修正「高級中等以上學校學生就學貸款辦法」增訂第9條之1規定，學校應主動查核學生申貸項目及金額，如有溢貸情事，應通知學生及承貸銀行，並協助學生將溢貸金額退還承貸銀行，倘經主管機關查核發現仍有溢貸情形，將列為核定獎勵、補助學校之參考。截至106年底止，各大專校院運用就學貸款彙報系統檢核104學年度至105學年度第1學期學貸辦理情形，發現溢貸及繳回承貸銀行金額約2億6,677萬餘元，估計減輕政府補貼利息負擔約561萬餘元。