審計部臺南市審計處(下稱臺南市審計處)查核發現，臺南市政府社會局(下稱社會局)辦理0206地震各界捐款賑災業務，撥款至辦理重建復原計畫機關，因部分資金無須立即運用，影響善款利息收入，經促請檢討改善。臺南市政府工務局(下稱工務局)已設立專戶管理善款、臺南市地方教育發展基金(下稱教育發展基金)已繳回未動用之善款及衍生利息，保障善款權益。
民國(下同)105年2月6日高雄美濃地震重創臺南市，各界愛心捐款湧入，社會局為妥善運用0206善款，設立0206地震災害捐款專戶(下稱捐款專戶)，定期於官方網站公布收支情形，以昭公信，截至106年2月底止，收入計42億7,048萬餘元(含利息收入234萬餘元)，實際支出計16億8,357萬餘元。臺南市審計處於106年3月查核發現，社會局105年度分12次撥付工務局代辦危險建築物補助作業等11項計畫經費，計12億7,902萬餘元，截至106年2月底止，尚餘2億4,549萬餘元，上開款項於撥付後即納入臺南市政府集中支付作業調度，未產生利息收入，如以臺灣銀行活期利率估算，善款損失利息收入約35萬餘元；另105年11月22日撥付教育發展基金4,934萬餘元辦理0206地震老舊危險校舍重建工程規劃設計，因教育部於106年1月核定補助經費，尚未決定是否動用，善款衍生之利息收入列為基金收入，上開情事影響捐款專戶利息收入權益，經於106年5月25日函請研謀改善。
經臺南市審計處追蹤改善情形，106年8至11月間，教育發展基金將未動用款項及3萬餘元利息收入繳回捐款專戶；工務局除設算44萬餘元利息收入繳回捐款專戶外，將尚未動用之善款存至該局新開立之0206地震災害捐款代辦經費專戶，獨立計息及運用，保障善款權益。