審計部查核發現，國防部辦理新建大樓內部裝備及設施需求計畫，採購計畫策定、規劃設計審查及相關工程招標作業未臻完善，延誤後續文書檔案管理中心裝修工程招標期程；且圖書館設備與裝修工程中，有關消防設備工程細部設計未盡周延，耽延圖書館啟用時程；及建置營區安全維護系統，未依建案計畫目標使用等情事，經函請國防部研謀妥處。業已研提具體改善措施，俾達成計畫預期效益。
國防部為提升文書檔案資訊化管理、建構現代化軍事圖書館及提升營區安全警戒防護，辦理國防部新建大樓內部裝備及設施需求計畫，預算金額8億2,961萬餘元，執行期程為民國（下同）99至104年度。經審計部查核結果，本案未成立專案督導小組，亦未訂定規劃、設計、招標等作業節點控管，致歷時2年7個月始完成基本及細部設計審查作業，延誤後續文書檔案管理中心裝修工程招標期程；復未依市場行情妥為編列工程預算，致偏離市場價格影響廠商投標意願，延遲達成文書檔案資訊化管理目標；另圖書館設備與裝修工程，未依契約整體規劃設計原則，重新檢視細部設計消防設備工程與既設系統之銜接方式，致須變更設計，迄105年9月19日始啟用，較原訂計畫期程耽延1年3個月餘；另委託國家中山科學研究院建置進出識別分系統，其中耗資2,802萬餘元購置X光檢驗機及電檢門等裝備，近2年使用率僅3.8％，無法達成增進安全維護效率及減少安全警衛人力預期效益等情事，經函請國防部妥適處理。
案經審計部追蹤改善結果，國防部業研提成立專案工作小組，定期召開會議，就規劃設計、採購作業等面向辦理聯合會審，管制工程進度、施工品質及預算執行；嗣後對工程類案將移交工程權責單位辦理，並加強專業教育訓練，以避免延誤計畫期程類案發生；復依核心防護等級，適切調整警監裝備部署，以提高裝備使用效益等改善措施；另文書檔案管理中心裝修工程已於106年9月16日完工，106年12月5日驗收合格。