審計部查核發現，行政院環境保護署(下稱環保署) 補助澎湖縣政府興設澎湖低碳島垃圾分選廠，於計畫審查及營運督導等階段，未能在政策調整取消「興設離島地區生質能源中心計畫」等厭氧消化及塑膠熱裂解時，積極協同澎湖縣政府研謀改善措施；亦未衡酌澎湖縣政府規劃及執行計畫能力，督促改善垃圾分選廠臭味溢散問題及運作成效，致補助計畫執行結果無法有效發揮原定功能等，經陳報監察院，業由該院立案調查後糾正環保署及澎湖縣政府。
環保署為期減少澎湖地區垃圾轉運過程可能衍生之污染及排碳量，並減少轉運焚化成本，取代垃圾長期運回臺灣本島焚化處理方式，於民國（下同）101年9月27日核定補助興設澎湖低碳島垃圾分選廠經費5,200萬元（含試運轉經費），該垃圾分選廠於103年3月15日竣工，並於103年8月至104年7月試運轉。
審計部查核發現，環保署審查澎湖縣政府提報之垃圾分選廠計畫未臻嚴謹，復未就分選後無法回收垃圾之處理方式，協同研謀相關配套措施，致分選廠分選效率僅為3.59％，多數垃圾仍須轉運回臺灣本島焚化處理，計畫執行成效未如預期；且該署未能積極協助處理垃圾分選廠臭味溢散問題，亦未能及時掌握澎湖縣政府未依計畫辦理及分選廠運作成效欠彰等情，督促妥為改善，肇致該分選廠試運轉期間結束即閒置。另澎湖縣政府申請興設澎湖低碳島垃圾分選廠，亦有計畫效益評估未盡覈實，致試營運期滿後，設施即閒置等缺失，審計部依審計法第69條第1項規定經於105年3月18日陳報監察院，嗣經該院立案調查結果，於106年10月11日糾正環保署及澎湖縣政府。(詳監察院公報第3059期)