審計部教育農林審計處（簡稱教育農林審計處）查核發現，農業委員會（簡稱農委會）於民國(下同)102年10月9日修正發布「申請農業用地作農業設施容許使用審查辦法」（簡稱審查辦法）增列綠能設施專章，其中於各類農業設施屋頂設置綠能設施者依規定免再提出申請，其相關管理規範明顯不足，致部分光電業者未結合農業經營，經函請農委會檢討改善，並提供相關查核資料供監察院調查之參考。嗣監察院調查後，糾正農委會。
政府為推動西元2025年達成非核家園目標，由農委會推動太陽光電與農業跨域整合計畫，於102年10月9日檢討修正審查辦法，增列綠能設施專章。教育農林審計處於105年11月查核發現，該審查辦法第28條規定，於各類農業設施屋頂設置綠能設施者，依規定免再提出申請；較於農業用地上設置綠能設施者，應擬具與農業經營結合之經營計畫，送經主管機關專案審查核准，其管理規範明顯不足。且據農委會統計，截至105年底止，經市縣政府廢止農業容許使用之81件農業設施中，先以「菇類栽培場」或「溫室」名義申請使用後，再變更為工廠及倉庫使用並設置綠能設施者計有7件，形成違規使用農地仍獲政府補助躉購電能之不合理情事。教育農林審計處於106年2月24日函請農委會檢討改善。嗣於106年4月21日提供相關查核資料，供監察院調查相關案情之參考。經該院調查後，於106年9月6日糾正農委會。(詳監察院公報第3053期)