審計部審核發現，政府捐助之財團法人從業人員獎金及其他給與支給項目暨其額度尚乏核發規範，部分法人團體存有支給獎金額度逾公務人員核發上限，年度預算並編列交通補助費與房屋津貼等經常性給與及福利項目等情事，與立法院決議未合，經函請行政院督促研謀改善。該院已明定處理原則分行各財團法人主管機關參照辦理，完備政府捐助之財團法人獎酬管控機制。
立法院審查民國(下同)102、104年度中央政府總預算案所提各該年度之通案決議第17項與第5項，略以：自102年度起政府捐助成立之財團法人，年終獎金(包括工作獎金、考核獎金、考績獎金或績效獎金)應比照公務人員標準(年終工作獎金1.5個月，考績獎金甲等1個月、乙等0.5個月，獎金總額原則最高2.5個月，如屬已敘年功俸最高俸級者再加發1個月，最高為3.5個月)考核發放；自104年度起，各財團法人除應比照公務人員取消交通補助費外，亦不得再發放高層主管之房屋津貼。經審計部審核發現，各主管機關多未研訂政府捐助之財團法人獎金及其他給與核發原則，明定各項獎金、補助及福利項目與額度均比照公務人員標準，尚存有部分財團法人核發獎金額度逾公務人員標準(詳附表)，暨104年度預算仍編列員工交通補助費及房屋津貼，均與上述決議未合等情事，經函請行政院督促權責單位及各主管機關研謀訂定一致性規範。
嗣經審計部追蹤改善情形，行政院人事行政總處已邀集相關機關開會研商，修正政府捐助之財團法人從業人員薪資處理原則第5點，明定渠等法人各項獎金及其他給與，應在相當於各該主管機關及所屬機關(構)員工支給項目及基準內發放，並經行政院於106年9月5日分行各財團法人主管機關參照辦理，有助完備政府捐助之財團法人獎酬管控機制及落實立法院決議。