審計部教育農林審計處（下稱教育農林審計處）查核發現，行政院農業委員會（下稱農委會）為穩定國內肥料價格，減輕農民負擔，訂定「化學肥料價差末端補貼作業規範」，由政府價差補貼農民購買化學肥料，惟政府價差補貼措施易致農民過度使用化學肥料，經函請檢討改善。該會已推動化學肥料補貼措施全面轉型，調整補貼項目及標準，以促進國內有機及友善農業之發展。
農委會自民國（下同）97年5月30日起實施「肥料價格調整及穩定供需因應方案」，由政府補貼及台灣肥料公司吸收國際原物料成本漲幅之85％，以調整國內肥料價格。101至105年度農委會於農業發展基金項下動支117億餘元，辦理價差補貼化學肥料374萬公噸及推動合理化施肥講習等。教育農林審計處於106年3月查核發現，我國化學肥料（如：氯化鉀）因政府價差補貼措施，致國內價格（11,350元/公噸）較鄰近日本（13,900元/公噸）、韓國（13,500元/公噸）為低。且以96至103年度為例，國內每公頃耕地化學肥料氮、磷、鉀之平均使用量為488公斤，是日本268公斤之1.82倍、韓國400公斤之1.22倍，顯示政府價差補貼化學肥料措施，易致農民過度使用化學肥料，經函請農委會研謀改善。
嗣經教育農林審計處追蹤改善結果，農委會自106年7月1日起化學肥料補貼措施已全面轉型，調整補貼項目及標準，其中停止補貼39號及特43號2種化學肥料，並將經費12億餘元，移作補助花東及離島地區肥料運費及提高國產有機質肥料補助標準，以促進國內有機及友善農業發展。