審計部臺灣省南投縣審計室(下稱南投縣審計室)查核發現，南投縣政府稅務局(下稱稅務局)辦理土石採取景觀維護特別稅(下稱特別稅)徵收作業，未確實掌握南投縣政府等機關開採土石資訊，致有延遲開徵特別稅情事，經促請檢討改善。已修正稽徵作業手冊規定，修改土石開採案件通報時點，加強控管作業，掌握土石開採資訊。
依據南投縣土石採取景觀維護特別稅徵收自治條例第6條第1項規定，機關應於得標人或價購人「開始開採土石」10日內，將開採地點、數量、期間、價格及得標人或價購人等資料，列冊通報稽徵機關稅務局課徵特別稅。該局民國(下同)103至105年度特別稅收入6億1,621萬餘元，南投縣審計室於105年12月調查發現，該局被動受理通報後始辦理開徵，未能掌握各機關開採土石資訊，復因南投縣政府等機關辦理河川疏濬工程，因土石標售得標廠商眾多，土石提貨期程長，實務上係依工程進度分次通報稅務局課徵特別稅，並未落實依規定於開採時通報，致102至104年度期間經南投縣審計室抽查發現分別有6件土石標售案件，得標人已完成土石提取，漏未辦理徵收或延遲開徵特別稅，經通知補徵4,393萬餘元，亟待完善徵收管控作業，經於106年2月18日函請檢討改善。
嗣經南投縣審計室追蹤改善情形，稅務局已於106年4月19日修正南投縣土石採取景觀維護特別稅稽徵作業手冊，規定各機關或事業辦理土石標售，應於決標後即通報稅務局，再依載運土石數量開徵特別稅，以提升徵課效能。經統計106年4月20日至同年10月15日止，通報該局列管案件計171件，累計已課徵特別稅1億4,576萬餘元，掌握各機關開採土石資訊。