審計部查核發現，台灣自來水公司(下稱台水公司)委託地方政府辦理道路管線統一挖補工程，因該公司未諳相關營業稅函釋規定，漏未檢討辦理進項稅額扣抵作業，影響公司租稅權益，經促請檢討改善，已扣抵營業稅3,845萬元，有助節省公司營運費用。
依財政部民國（下同）86年5月15日臺財稅字第861897796號函釋略以，機關代辦預埋管線工程，承包商開立機關名義之二聯式統一發票，須由機關再編列各管線單位應分攤工程費用及營業稅額證明單，併同原統一發票影本，分送各管線單位作為進項憑證，憑以申報扣抵銷項稅額。審計部查核發現，台水公司第四區管理處委託臺中市政府建設局代辦道路管線統一挖補工程，相關管溝挖掘及回填費等支出內含之進項稅額，因該管理處未諳前開營業稅函釋規定，漏未洽該局提供統一發票影本及支出機關分攤表等資料，並檢討辦理進項稅額扣抵，影響公司租稅權益，經於102年6月函請該公司通盤檢討妥處。
嗣經審計部追蹤改善情形，該公司已通函所屬確依前開函釋規定辦理，截至106年8月底止，該公司所屬第四區管理處等5個區管理處，暨北區、中區及南區等3個施工處，就委託地方政府代辦道路管線統一挖補工程，已檢討辦理相關進項稅額扣抵作業，合計扣抵營業稅3,845萬餘元，有效節省公司營運費用。