審計部臺灣省新竹市審計室(下稱新竹市審計室)查核發現，新竹市政府未落實辦理農地違規使用聯合稽查及取締業務，復未列管追蹤已查獲之違規案件，經促請檢討改善，已辦理聯合稽查作業，及訂定查核流程，改善農地違規使用情形。
依內政部統計年報資料，截至民國(下同)102年底止，新竹市非都市農地面積4,151餘公頃，都市農地面積878餘公頃，合計5,030餘公頃。新竹市審計室於104年3月查核發現，該府產業發展處於101至103年度間僅辦理申請農地賦稅優惠及農業用地容許使用案件之抽查，未進行農地違規使用稽查取締，該府亦未整合農業、建築管理、地政、都市計畫及相關單位一同辦理，且未制定農地違規使用列管追蹤流程，致部分農地遭長期違規使用，經於104年3月11日函請檢討改善。
嗣經新竹市審計室追蹤改善結果，該府已自105年起整合農業、建築管理、地政、都市計畫及相關單位一同辦理農地違規使用聯合稽查及取締，經統計截至106年9月底止，共辦理聯合稽查3次，查獲農地違規使用案件計40件，裁罰金額245萬元，並於105年3月18日訂定新竹市農業用地違規使用查核流程表，強化農地違規使用之列管追蹤流程，改善農地違規使用情形。