審計部教育農林審計處（簡稱教育農林審計處）查核發現，新北市、臺中市、臺南市及高雄市（原高雄縣部分）已於民國（下同）99年12月25日改制為直轄市，另103年12月25日前桃園縣亦改制為直轄市，惟除新北市外，其餘4都轄內之高級中等學校迄未移撥改隸及移轉教育督導權，經促請教育部積極協商。已於106年1月1日完成臺中市轄內高級中等學校改隸及移轉教育督導權事宜，並與桃園市政府達成將於107年1月1日改隸之協議。
依地方制度法第18條第4款規定略以，直轄市學前教育、各級學校教育及社會教育之興辦及管理為直轄市自治事項。又依行政院101年7月13日召開研商「國立高級中等學校改隸及私立高級中等學校教育督導權移轉直轄市政府相關事宜」會議決議略以：「同意新北市政府於102年1月1日接管高中職校……，爰請其餘3都優先推動私立學校督導權之移轉，以符法制。」另據教育部102年9月12日第296次首長幕僚會議略以：「臺中市等3都合併改制直轄市後，原則依據新北市政府接管轄內學校之條件，辦理接管轄區內國、私立學校。」教育農林審計處抽查教育部及所屬102、104及105年度財務收支及決算時，發現臺中市等4都轄區內國立高級中等學校，因「主管機關正式編制人員員額應隨同業務移撥」、「改隸移轉後教職員退撫經費分擔」、「以專款專用方式足額移撥所需經費」等議題未獲共識，而未完成改隸事宜，分別於103年1月、105年6月及106年5月函請檢討改善。
嗣經教育農林審計處追蹤改善結果，教育部已於106年1月1日完成臺中市轄區內39所國、私立高級中等學校之改隸及教育督導權移轉事宜；另與桃園市政府達成轄區內25所國、私立高級中等學校將於107年1月1日改隸之協議。