審計部臺灣省雲林縣審計室(下稱雲林縣審計室)查核發現，雲林縣稅務局民國(下同)99至102年度稅捐稽徵經費最高者為使用牌照稅，介於2,007萬餘元至2,069萬餘元間，主要係該稅目長期委託公路監理機關代徵須支付代徵手續費，經促請檢討改進。該局已自105年度起，部分使用牌照稅稽徵業務收回自辦，減少代徵手續費約507萬餘元。
財政部賦稅署98年6月22日台稅中一發字第0980472746號函示略以：各稅捐稽徵機關使用牌照稅委託各公路監理機關代徵契約，自99年度起，得選擇「維持現狀」及「部分收回自辦」兩者擇一方式辦理。雲林縣審計室於102年11月間查核發現，雲林縣稅務局99至102年度使用牌照稅之稽徵經費為各稅最高，介於2,007萬餘元至2,069萬餘元間，其中支付公路監理機關代徵手續費(當年度使用牌照稅實徵數之1.176％)約占該稅稽徵經費9成，惟該局未就全部委託代徵及部分收回自辦等2種作業方式之處理成本及效益進行評估，仍承襲以往將稽徵業務全部委託公路監理機關代徵，代徵費用長期居高不下，經於103年1月19日函請該局檢討妥處。
嗣經雲林縣審計室追蹤改善情形，雲林縣稅務局已自105年度起，將使用牌照稅開徵及催繳等業務改採收回自辦方式，代徵手續費率自1.176％降為0.912％，使105年度原應支付代徵手續費由2,260萬餘元，降為1,752萬餘元，嗣後每年度減少代徵手續費約507萬餘元。