經濟部水利署為解決臺南市仁德區長年水患問題，提出港尾溝溪中游設置疏洪道之規劃，將該溪上游水量分洪至二仁溪排放，於民國（下同）94年7月5日報經行政院核定納入易淹水地區水患治理計畫辦理，由該署與所屬第六河川局執行，該疏洪道工程分為6件標案，總決標金額8億8,132萬元，先後於102年7月至103年6月間完工，惟因規劃及工程設計低估洪峰流量及水流沖刷潛勢，自103年7月27日舉行竣工典禮後19天，即因豪雨造成疏洪道坍塌約170公尺，嚴重影響疏洪功能，經審計部辦理專案調查結果，核有未盡職責及效能過低情事，爰依審計法第69條規定函請經濟部查明妥適處理，並報告監察院。案經監察院於104年2月4日糾正經濟部水利署及第六河川局，並由經濟部水利署重新檢討渠底保護工之設計方案，完成該疏洪道受損部分之復建及加固工作，恢復工程設施疏洪功能。