審計部查核發現，經濟部水利署（簡稱水利署）對於轄管部分河川，未依河防安全、河川管理及環境營造之需求，妥適公告禁止種植區域，造成河川種植面積持續增加，因整地破壞植被及噴灑農藥等，引發揚塵及水質污染，經函請水利署檢討改善。已陸續辦理公告，有助維護河防安全及河川生態。
經濟部為加強河川管理，於民國（下同）99年3月5日修正增列河川區域種植規定第3點：「禁止種植區域如下……：（五）為河防安全、河川管理或環境營造之需求，經河川管理機關公告之區域。」（該款規定於102年12月27日移列於河川管理辦法第37條第1項第4款後，於103年3月7日配合刪除。）審計部查核發現，水利署轄管之24條河川水系，截至103年11月底止，僅公告秀姑巒溪及花蓮溪部分河段禁止種植區域（104年8月21日廢止重新公告），至於其餘中央河川均未辦理公告，造成河川種植面積持續增加，因整地破壞植被及噴灑農藥等，引發揚塵及水質污染，經函請該署檢討改善。
嗣經審計部追蹤改善情形，截至106年6月底止，水利署轄管24條河川水系，已公告11條河川水系或其支流禁止種植區域，其餘轄管河川將於108年6月前陸續檢討公告，避免河川區域內種植行為影響河道通洪、產生揚塵及危害自然生態等，有助維護河防安全及河川生態。