審計部查核發現，國防部軍醫局(下稱軍醫局)辦理國軍藥衛材聯合採購作業及履約管理，未建立藥衛材價格檢核機制，致得標廠商未依約對國軍醫療單位提供一致性優惠折扣，有損國軍權益，經函請國防部督促檢討改進。業已訂定藥衛材採購單價稽核機制，以完善履約管理。
軍醫局為滿足國軍藥衛材需求及降低其採購成本等目標，辦理藥品及衛材(含健保給付項目及自費項目)聯合採購作業，並指定所屬醫療單位與各得標廠商簽訂2年期聯標共同供應契約及履約管理。按其契約條款規範，廠商以更優惠之價格或條件供應契約標的於各適用機關或他人者，訂約機關得與廠商協議變更契約。審計部查核發現，軍醫局未建立藥衛材採購單價稽核機制，得標廠商未依約對國軍醫療單位提供一致性優惠折扣，致國防醫學院三軍總醫院(下稱三軍總醫院)北投分院、國軍桃園及花蓮總醫院等3個單位，民國(下同)101至104年8月底止，採購國軍藥衛材聯標共同供應契約相同健保給付品項，其採購單價高於三軍總醫院者，計有863項、金額1億3,675萬餘元。經於105年2月4日及同年5月16日函請國防部清查共同供應契約各適用機關採購單價不一情形，依約妥處，並研提具體改善措施。
嗣經審計部追蹤結果，軍醫局已要求各適用機關遇廠商提供較契約價格更優惠條件時，應正式函知訂約機關，並訂定採購單價檢核機制，由訂約機關勾稽各廠商未以優惠價格提供給各適用機關之分項，依約採取作為，自105年8至12月底，已減少藥衛材支出計378萬7,345元。