審計部查核發現，科技部每年就相關基金主管機關所送單價500萬元以上之科學儀器送審表進行審查，未有相關作業規範，經審計部促請檢討。業已訂定審查機制及委員遴選作業原則，有助於建立嚴謹之審查程序。
依民國(下同)103至105年度之中央政府總預算附屬單位預算編製辦法第9條第1項第8款規定：「作業基金、債務基金、特別收入基金及資本計畫基金購置科學儀器計畫，應核轉科技部。」同辦法第10條第7款規定：「科技部應就購置科學儀器計畫，提出書面意見，送主計總處。」經查科技部依上開規定就相關基金主管機關所送單價500萬元以上之科學儀器送審表進行審查，103至105年度審查案件，分別計有96件、92件及112件，預算金額19億8,152萬餘元、20億209萬餘元及21億7,033萬餘元。科技部審查作業原則上係由該部相關學術司推薦審查委員進行書面審查，且每一案敦請3位相關領域專家學者擔任審查委員，視個案性質酌增人數，必要時召開複審會議審查，並將審查結果函送行政院主計總處。惟上開得酌增審查委員之個案性質認定，尚缺乏明確規範，致審查委員有3人、5人或10人等不同人數情形；又審查委員之遴選機制、不同審查意見之處理方式，以及送審機關就審查意見辦理申復與科技部後續複審原則等，並無相關作業原則可資規範，經建請科技部檢討妥處。
嗣經審計部追蹤結果，科技部已於106年5月31日核定「申購單價新臺幣五百萬元以上科學儀器審查機制及審查委員遴選作業原則」，作為審查各申請機關(構)研提購置單價500萬元以上科學儀器計畫之依據，有助於建立嚴謹之審查程序，並提升審查作業品質。