審計部高雄市審計處(下稱高雄市審計處)查核發現，高雄市政府處理新草衙地區土地被占用案，長期未能落實執法，復因處理政策反覆，加上配套法令遲未通過，致處理成效不彰，久任公產遭無償占用持續40餘年，經函請高雄市政府查明妥處及報經監察院糾正後，已制定土地處理自治條例，有助推動都市發展。
高雄市新草衙地區早期因拆船業興起，吸引外縣市勞工就地占用興建違章建築。截至民國(下同)102年8月底止，該地區土地總計4,143筆，面積20.01公頃，帳面價值21億2,011萬餘元，其中被占用者高達8成以上，計3,646筆，面積18.54公頃，帳面價值19億7,209萬餘元。高雄市審計處查核發現，高雄市政府未依高雄市市有財產管理自治條例及監察院92年度糾正內容妥善管理市有土地，任令違法建造及使用，復對於無權占用公有土地者，遲未依法排除，亦未落實開徵使用補償金，久任公產無償占用持續40餘年，造成公帑損失9億餘元，經於102年12月19日函請查明妥處，並於103年8月26日陳報監察院，嗣經該院立案調查後，於104年4月8日糾正高雄市政府。
高雄市審計處追蹤後續改善情形，高雄市政府為協助新草衙地區土地使用戶取得土地所有權及配合未來都市更新等開發方式，於104年6月11日制定高雄市新草衙地區土地處理自治條例，並於106年1月1日全面開徵5年使用補償金，開徵戶數2,095戶，開徵金額3億1,408萬餘元，截至106年4月底止，已提出申購者1,471戶，申請承租130戶，完成產權移轉及繳款者641戶，讓售金額總計9億3,884萬元，面積約2.95公頃，另提供多項優惠配套方案，鼓勵民眾自行整合重建，解決房屋合法化問題及改善居住環境，有助推動都市發展。