審計部查核發現，經濟部中小企業發展基金為促進中小企業發展，設立4處育成中心，惟其收入不敷支應營運維持費，亦間有無法支應委辦費，截至民國（下同）102年底止，累計短絀金額高達7億6,921萬餘元，經審計部促請檢討改善。該基金已推動營運轉型措施，該4處育成中心105年度短絀金額3,950萬餘元，已較103年度短絀減少1,698萬餘元，有效減輕基金財務負擔。
經濟部中小企業發展基金為促進中小企業發展，自91至98年度起，陸續設立南港生技、南科、南港軟體及高雄軟體等4處育成中心，並分別委託財團法人生物技術中心、資訊工業策進會及國立成功大學管理或營運，除南港軟體育成中心委外營運收取權利金，該基金須負擔土地、房屋稅金及折舊費用外，其餘3處係委外管理。審計部查核發現，上開4處育成中心自設立以來，收入不敷支應營運維持費，連年發生短絀，截至102年底止，總累計短絀金額已高達7億6,921萬餘元（詳表），經函請經濟部督促檢討改善，以減輕基金財務負擔。
嗣經審計部追蹤改善情形，該基金已啟動自設育成中心營運轉型機制，納入營運單位須提自籌款條件等，其中高雄軟體、南科育成中心分別於103年7月及106年度起委外營運，南港生技育成中心於106年1月起由財團法人生物技術開發中心接管自主營運，該4處自設育成中心105年度短絀金額3,950萬餘元，已較103年度短絀金額5,649萬餘元，減少短絀1,698萬餘元，約30.06％。