審計部臺南市審計處(下稱臺南市審計處)查核發現，臺南市37個戶政事務所服務人口數及業務量差距懸殊，每人承辦業務量未盡衡平，經函請檢討調整組織編制。臺南市政府民政局(下稱民政局)已調整人力配置，將戶政事務所整合為18個，但仍維持原37個服務據點，將自民國(下同)106年7月3日施行，精簡主管等部分人力計29名，每年可減少戶政經費約2,600萬元，有效節省公帑支出。
內政部於93年2月推動「戶役政資訊系統擴大戶政業務異地辦理服務」作業，97年5月修正戶籍法第5條，授權各直轄市、縣(市)政府依轄區範圍、人口多寡及地方特性斟酌設置戶政事務所。臺南市審計處103年11月查核發現，臺南市102年度戶政經費決算數4億7,126萬餘元，其中人事費4億3,347萬餘元占91.98％，其組織仍依循戶籍法修正前規範，依行政區設置37個戶政事務所，惟各區人口數差距懸殊，永康區戶政事務所每人每年服務5,193人次最多，龍崎區僅1,074人次最少；又各戶政事務所間業務量差距頗大，以東區每年受理15萬餘件最多，龍崎區2千餘件最少，每人業務量未盡衡平，人力資源未能充分運用，經於104年1月6日函請民政局審酌轄區地理環境特性，調整組織編制。
嗣經臺南市審計處追蹤結果，民政局已修正「臺南市各戶政事務所組織章程」及「臺南市各戶政事務所編制表」，調整各戶政事務所人力配置，案經臺南市政府於106年5月4日公告發布，在不影響民眾權益，將37個戶政事務所整合為18個，維持原服務據點改設辦事處持續提供服務，將自106年7月3日施行，共計精簡主任等29名人力，每年可減少戶政經費約2,600萬元，有效節省公帑支出，並提升人力資源運用。