審計部臺南市審計處(下稱臺南市審計處)查核發現，臺南市政府建置「規費罰鍰暨歲入管理系統」，作為所屬機關控管行政罰鍰收繳情形，惟系統功能及管理規章未臻完善，間有重複向受處分人催收款項；部分機關未妥適運用系統，收繳成效欠佳等情事，經函請檢討改善。已修正系統功能，增修訂罰鍰管理規章，並督促相關單位積極運用該系統控管行政罰鍰收繳，健全罰鍰收繳機制。
臺南市政府為加強應收規費及行政罰鍰之管理與催繳作業，於民國(下同)101年度以新臺幣440萬元建置「規費罰鍰暨歲入管理系統」，以利各機關單位控管罰鍰收繳情形。臺南市審計處103至105年間查核發現，該系統功能未臻完善，裁處書未簽准即列印，間有重複向受處分人催繳；臺南市政府及所屬各機關學校行政罰鍰案件及債權憑證管理作業要點未研訂債權憑證再移送之下限金額，且部分機關未訂定分期繳款方式，不利民眾繳納罰款；地政局等10個機關未妥適運用該系統經管行政罰鍰案件，罰鍰追繳成效欠佳等情事，經分別於103年5月9日、104年5月26日及105年5月19日函請檢討改進。
經臺南市審計處追蹤結果，臺南市政府財政稅務局已依各機關使用需求增修系統功能，於105年7月修正系統警示視窗內容；該局及相關機關持續制(修)訂罰鍰管理規章，截至106年3月底，已完成新訂或修正臺南市政府及所屬機關應收歲入款作業要點等7項罰鍰管理規章，增訂債權憑證再移送之下限金額，新訂分期繳納實施要點；辦理承辦人員系統操作教育訓練，除環保局等機關已使用中央單位建置之管理系統外，其餘地政局等9個機關已運用該系統，加強罰鍰管理及催繳，健全罰鍰收繳機制。