審計部臺灣省澎湖縣審計室(下稱澎湖縣審計室)查核發現，澎湖縣政府與交通部航港局(下稱航港局)共同推動龍門港與布袋港客運直航開發事宜，惟因部分工作設施尚未設置，未能於民國(下同)105年旅遊旺季前(每年4月)完成客輪雙向直航，經促請檢討改善，已正式通航，縮短海上客運交通時間，提升服務品質。
交通部於93年10月11日公告澎湖馬公港及龍門港為國內商港，澎湖縣政府為推動觀光發展，與航港局共同推動龍門港與布袋港客運直航開發事宜，原定於105年旅遊旺季前完成通航。澎湖縣審計室查核發現，龍門港與布袋港客運直航案雖經該府、航港局、臺灣港務股份有限公司(下稱臺港公司)等機關協調決議，於105年旅遊旺季前完成簡易海關、證照查驗、檢疫及安檢相關設施(簡稱CIQS)，及臨時旅客服務中心，以辦理客運航線試營運。惟迄105年3月底止，該府未積極與臺港公司溝通協調完成相關客運設施，致財政部關務署、內政部移民署、行政院農業委員會動植物防疫檢疫局及行政院海岸巡防署南部地區巡防局等安全檢查機關未能進駐，影響航線開航，經於105年4月27日函請檢討改善。
嗣經澎湖縣審計室追蹤改善情形，澎湖縣政府已協調臺港公司於龍門商港旁，分別新建置簡易候船室及CIQS等設施(約177萬餘元)，並由該府於106年4月28日辦理首航活動正式通航，縮短臺澎海上客運約30分鐘交通時間，提供多元交通運具選擇及安全舒適優質服務，提升澎湖旅客服務品質。