審計部高雄市審計處(下稱高雄市審計處)查核發現，高雄市政府環境保護局(下稱環保局)轄管南區資源回收廠(下稱南區廠)代處理一般事業廢棄物，未按處理成本訂定適當費率，經函請檢討妥處。該局已修正收費管理辦法，調升費率，增加代處理一般事業廢棄物收入。
環保局自行操作營運之南區廠於優先處理高雄市及支援外縣市代處理一般廢棄物(即家戶垃圾)後，尚有焚化處理餘裕量時，另代處理轄内一般事業廢棄物，並依高雄市代處理廢棄物收費管理辦法徵收處理費用。高雄市審計處民國(下同)104年6月查核發現，該局原核定南區廠代處理外縣市一般廢棄物收取每公噸450元至1,365元不等之處理費用，代處理轄內一般事業廢棄物則按每公噸1,700元收費，嗣該局考量代處理外縣市一般廢棄物收入，已不敷處理成本，爰自104年度起調升費率為每公噸2,307元，惟未同步檢討代處理轄內一般事業廢棄物計費標準，經於104年7月8日函請檢討妥處。
嗣經高雄市審計處追蹤改善結果，環保局經評估南區廠廢棄物處理成本後，業於105年12月15日修正前開收費管理辦法，將上開代處理轄內一般事業廢棄物費率調升為每公噸2,413元，並自106年度起實施，按南區廠106年第1季轄內一般事業廢棄物進廠量4萬2,835公噸，核算代處理費收入共計1億336萬餘元，較調整前增加3,054萬餘元，並合理反映處理成本，提升資源回收廠營運效能。