審計部臺南市審計處(下稱臺南市審計處)調查發現，臺南市政府環境保護局(下稱環保局)興建寮子廍水質淨化場，未將民生污水截流處理，影響該水質淨化場之處理成效，經函請檢討改善。該局已完成民生污水截流改善工程，經檢驗結果，淨化水質效能已有明顯改善。
環保局考量總爺排水流經麻豆古港文化園區，因當地寮子廍社區之民生污水未經淨化即流入總爺排水，致常年水質不佳。該局爰於民國(下同)100年度耗資942萬餘元，興建寮子廍社區水質淨化場，並自101年3月1日起正式運轉。臺南市審計處103年7月調查發現，總爺排水之水體主要來自上游農田灌溉後之放流水，污染程度較低，惟於流經麻豆古港文化園區時，因匯入寮子廍社區之民生污水，致影響當地水質。該水質淨化場興建完成後，未將寮子廍社區之民生污水先行截流處理，致民生污水之多數污染物未經處理即混流至總爺排水中，而該水質淨化場僅抽取總爺排水中部分混流後之水體加以處理，影響水質淨化成效，且會同環保局抽驗結果，總爺排水之河川污染指數(River Pollution Index,下稱RPI)達5.75，接近嚴重污染指標RPI＞6，水質未見明顯改善，經於103年8月函請檢討改善。
嗣經臺南市審計處追蹤改善結果，環保局已於105年4月完成污水截流改善工程，將寮子廍社區之民生污水截流至該淨化場加以處理。環保局於105年11月8日抽檢水質結果，經該淨化場處理後RPI降至3.75，已發揮應有處理效能，改善總爺排水下游之河川水質。