審計部臺灣省新竹市審計室(下稱新竹市審計室)查核發現，新竹市立動物園動物照護及防疫未研訂執行計畫暨未啟動審議機制以運用動物認養經費，經促請檢討改善。已訂定動物照護及防疫等相關計畫及召開委員會審議並運用動物認養執行經費，強化動物照護及提升動物福祉。
新竹市立動物園辦理其動物照護及防疫相關工作，民國(下同)105年度編列預算約2百多萬元。另為凝聚社會資源，提升動物福祉，100年度訂定及102年度修訂新竹市立動物園動物認養計畫，其中規定認養收支經費撥入新竹市立動物園動物認養專戶管理，以及支用認養經費需事先擬具計畫書，提報委員會審議。新竹市審計室查核發現，該園雖依預算購置疾病預防治療及消毒用品等辦理動物照護及防疫工作，惟尚無具體執行計畫及相關紀錄。另102及103年度動物認養收支經費雖尚依認養計畫辦理，惟104及105年度未召開認養經費管理委員會啟動審議認養支用經費之機制，查該2年度動物認養經費累計結餘41萬餘元及46萬餘元均未運用，經於105年11月11日函請該園檢討改善。
嗣經新竹市審計室追蹤改善結果，新竹市立動物園業於106年2月訂定該園動物健康管理及防疫計畫，作為動物疾病預防、控制、治療措施等動物健康管理之依據，並使工作同仁熟悉相關處理程序，確保動物、工作人員及遊客健康安全。另於106年2月22日召開動物認養經費管理委員會，並於會中決議106年度動物認養執行計畫經費30萬元，用以增加動物食物多樣性及醫療器材藥品等，提升動物福祉。