審計部臺灣省新竹縣審計室(下稱新竹縣審計室)查核發現，新竹縣境由經濟部公告劃定之頭前溪水系自來水水質水量保護區(下稱保護區)內，設有禽畜飼養場及遭非法棄置垃圾，經促請檢討改善，已輔導禽畜飼養場妥善處理廢水及清除廢棄物，維護民眾飲用水安全。
依自來水法第11條第1項第6款及第8款規定略以，自來水事業對其水源之保護，得視事實需要，劃定公布水質水量保護區，禁止或限制設置垃圾掩埋場或焚化爐、傾倒、施放或棄置垃圾，及禁止或限制以營利為目的之飼養家畜、家禽等貽害水質與水量之行為。新竹縣審計室於民國(下同)105年6月間運用地理資訊系統查核發現，截至104年底止，新竹縣政府列管之家畜、家禽飼養場計111家，其中位於保護區者有37家；另列管非法棄置廢棄物場址43處，其中坐落於保護區者有4處，經於105年6月函請檢討改善。
嗣經新竹縣審計室追蹤改善情形，截至106年2月底止，新竹縣政府已輔導前揭位於保護區之37家禽畜飼養場，其廢水業由廢水處理廠處理後始排放，或以儲水池儲存後由水肥車抽運處理，並持續列管監控及複查；另前揭4處非法棄置廢棄物之場址已函轉所屬環境保護局查處並清除完竣，以維護民生飲用水安全。