審計部福建省金門縣審計室(下稱金門縣審計室)查核發現，金門縣政府辦理金門地區部分特有物種之生態研究及保育措施，欠缺防治外來物種及友善環境策略，經函請研謀改善，業已加強辦理相關保育研究及宣導，整合行政溝通機制，保育當地特有物種，維護生態平衡。
金門地區屬離島獨立生態系統，部分物種獨特，如金龜及歐亞水獺等均屬金門特有生物。金門縣審計室於民國(下同)104年6月查核發現，金門地區陸域生態已受外來種入侵；部分濕地周邊進行之開發建設已影響當地生態；另溪流整治工程未考量運用友善環境之生態工法，各機關之生態保育研究成果及政策未能互相溝通共享，行政資源尚待建立整合機制等情事，經於104年7月28日函請妥為檢討改善。
嗣經金門縣審計室追蹤改善結果，金門縣政府已委外進行防範外來物種入侵策略研究，及教育民眾如何協助防治；同時落實辦理金門地區水域環境保護工法研究，確立相關保育政策，自105年起，各大型公共建設計畫及河川治理工程已逐步導入研究成果，營造生態友善環境，凝聚保育共識，其中歐亞水獺遭路殺數量103年為6隻，至105年已降為3隻，對於保育金門當地特有物種已見初步成效；另該府已成立生物多樣性網站，作為保育宣導、整合行政機關相關研究之平台，逐步推進生態平衡。