審計部查核發現，經濟部水利署辦理疏濬土石標售作業內部控制功能未臻健全，間有未登載於政府電子採購網財物變賣專區、等標期少於規定時間及未依規定公告土石販售數量等缺失，經促請檢討改善，已訂定中央管河川疏濬計畫執行情形督導表及修正經濟部水利署多數平均價決標標售土石處理原則規定，具體提升各疏濬主辦機關標售作業內部控制功能，充分揭露土石標售資訊。
臺灣地區民國(下同)93至102年度河川水庫疏濬量每年平均約4,548萬公噸，其中中央管河川水庫疏濬土石標售收入每年平均約30億餘元，該土石標售收入係挹注水資源作業基金，作為水庫、海堤、河川或排水設施之災害搶修搶險支出等用途；又經濟部水利署為健全砂石市場競標機制，於96年3月14日訂頒經濟部水利署多數平均價決標標售土石處理原則，依該處理原則第2點規定，河川水庫疏濬之土石以採售分離方式標售，其投標、開標及決標等作業程序準用政府採購法及相關規定。審計部調查經濟部水利署暨所屬機關103年度辦理土石疏濬標售案件情形，發現土石標售案件未規範公告方式，以致部分案件未見登載於政府電子採購網財物變賣專區，損及公開與公正性，且疏濬作業主辦機關間有未盡落實依照相關規定執行，致有等標期少於上揭處理原則規定時間及未公告土石販售數量等缺失，該署亦未適時督促所屬機關改正，顯示標售作業內部控制功能未臻健全，經於104年5月1日函請檢討強化內部控制功能，防杜類此缺失發生。
嗣經審計部追蹤改善情形，經濟部水利署已將審計部建議事項列入中央管河川疏濬計畫執行情形督導表中，以提升疏濬主辦機關標售作業內部控制功能，並於105年2月15日修正經濟部水利署多數平均價決標標售土石處理原則第2點規定，規範土石標售案件應公告於政府電子採購網財物變賣專區、執行機關網頁及實貼於執行機關公告(布)欄，充分揭露土石標售資訊。