政府為照顧漁民生活，發展遠洋與沿近海漁業，由前臺灣省政府農林廳漁業局及行政院農業委員會（下稱農委會）漁業署（下稱漁業署）接續執行漁業建設方案與計畫，截至民國97年底止，已投入各市縣漁港建設經費608億餘元，期達成提升漁港整體環境品質，促進港區土地開發利用及維護設施正常機能等目標。審計機關為具體實踐對民眾生活產生正面影響，加強辦理與民生議題相關之績效審計案件，爰投入審計人力就農委會與漁業署及各地方主管機關辦理各期漁港建設方案與計畫之執行情形，進行專案調查。調查結果發現農委會未能合理建構遠洋與沿近海漁業最適規模，且未詳確分析評估，補助地方政府大量興設漁港及增闢區域性大型漁港，肇致興建完成後未達預期效益；漁業署未切實督導考核各漁港及相關設施實際使用成效，及部分地方主管機關未能審慎評估當地漁業需求即提報興設計畫，設施完成後復未能積極妥善利用，均任令低度使用或長期閒置。經函請行政院轉飭農委會、漁業署及各地方主管機關積極研謀改善，經審計部教育農林審計處及相關地方審計處室賡續追蹤後續改善情形，已研謀改善措施。