審計部臺南市審計處(下稱臺南市審計處)調查發現，臺南市政府水利局(下稱水利局)同意11家特定事業機構之廢水排入公共污水下水道系統處理，卻未徵收污水代處理費，亦未明訂罰則，經通知檢討改善。該局業已訂頒相關規範，且自民國(下同)105年4月起徵收污水代處理費，增裕市庫收入。
依水污染防治法等相關規定，事業原須自行設置污水處理設施，以處理淨化其廢(污)水。水利局為提升污水下水道系統及處理廠之使用效益，於104年6月訂頒「臺南市政府水利局用戶申請接入污水下水道系統作業須知」，開放特定事業可將廢水排入公共污水下水道系統，由該局代為處理。並於104年度編列預算600萬元，實支561萬餘元，於臺南市污水下水道地理資訊系統中建置「污水用戶收費管理系統」，以辦理相關收費管理事宜。經臺南市審計處調查發現，迄104年12月底，已接管之特定事業機構已有11家，惟該局尚未徵收污水代處理費，且未訂頒水質檢驗及罰則等相關規範，經於105年2月函請檢討改善。
嗣經臺南市審計處追蹤改善結果，水利局業於105年3月訂定「臺南市政府水利局接受事業廢(污)水委託公共污水下水道系統代處理行政契約」，明訂延遲繳款等各類違規情事之罰則，且詳確規範水質檢驗等作業規定，並自105年3月起與該11家事業機構簽訂代處理廢水契約。自105年4月起，比照高雄市收費標準，以自來水用水量每度徵收代處理費10元。截至105年10月底，已徵收代處理費417萬餘元，預估每年可增裕市庫收入700萬餘元。該局並已賡續鼓勵事業將廢水納入公共污水下水道系統代處理，俾充分發揮污水下水道與處理廠設置之功能。