審計部臺灣省雲林縣審計室(下稱雲林縣審計室)查核發現，雲林縣政府於劃定水災危險潛勢地區未考量縣境內活動斷層與地層下陷等風險因子，經促請研謀改進，該府已重新檢討並將斷層或地震造成土石鬆動等情，及虎尾鎮及麥寮鄉等2處地層下陷區納列考量，並督促所轄20個鄉鎮市公所檢討修正水災危險潛勢地區保全計畫，提升民眾防災應變能力，周全災害之防範。
雲林縣政府為強化洪災預警機制，有效減少災損，於民國(下同)101至102年辦理易淹水地區水患自主防災社區之建置，經費計1,570萬元，又於102年度評估轄區淹水嚴重地區、村落人口聚集處、重要保護標的或歷年有實際執行水災疏散撤離之區域等情形，劃定水災危險潛勢地區，供各機關與民眾及早防範。雲林縣審計室104年4月查核發現，雲林縣境內有1處九芎坑活動斷層，自古坑鄉向南延伸至嘉義縣竹崎鄉附近，且依經濟部水利署地層下陷防汛資訊網於同年3月26日公告最新地層下陷情況，雲林縣於64至101年度之下陷面積(261平方公里)及最大下陷速率(7.4公分/年)等2項均達全臺之冠，惟該府未將此活動斷層與地層下陷等風險因子，納列水災危險潛勢地區範圍考量，經於104年5月25日函請檢討改善。
嗣經雲林縣審計室追蹤改善結果，雲林縣政府於104年6月間檢討水災危險潛勢地區劃定範圍，將九芎坑活動斷層，與虎尾鎮及麥寮鄉等2處位於地層下陷範圍內之社區，納入水患自主防災社區推動計畫；同時間函請所轄20個鄉鎮市公所檢討，並於同年7月22日全數完成水災危險潛勢地區保全計畫之修正，推動水患自主防災避難疏散作業，計有四湖鄉廣溝村、麥寮鄉施厝村、土庫鎮埤腳里及口湖鄉過港村等4個防災社區分獲經濟部水利署評鑑為特優及甲等。又104年9月及105年7月遇杜鵑及尼伯特等強颱侵襲時，部分經該府災害應變中心下達疏散撤離指示之村落，均能依據上開更新保全計畫引導安全避難，截至105年底止，尚無颱風或豪大雨肇致人員傷亡之情事，落實減災及避災之計畫目的。